Além de ser extremamente improvável a geração espontânea de complexas moléculas orgânicas, também se torna necessário que estas moléculas, depois de formadas, sejam preservadas até que todos os outros elementos químicos necessários se reúnam para que seja formado o primeiro organismo vivo. Porém um dos maiores impedimentos para que isto tenha ocorrido seria a presença de oxigênio na atmosfera, pois assim como um pedaço de ferro se oxida, as moléculas orgânicas complexas, necessárias para a origem química da vida, seriam quebradas pelo oxigênio, tornando-as moléculas menores. Portanto, para que a teoria evolucionista seja válida, é necessário supor que a atmosfera primitiva não possuía oxigênio, mas esta suposição não fornece evidências da composição da atmosfera primitiva. Evolucionistas afirmam que todo o oxigênio deve ter sido produzido por folhagens, através da fotossíntese. Esta teoria parece viável, porém não há prova científica de que isto ocorreu. Sabe-se que sempre houve grande quantidade de oxigênio no planeta Terra, pois as rochas contém altas concentrações deste elemento químico, embora não se pode dizer se o oxigênio encontrava-se livre, como acontece hoje.
A afirmação de que a atmosfera primitiva não possuía oxigênio é também uma teoria, que se sustenta na teoria da evolução, procurando se harmonizar com esta. J. H. Rush (em "The Dawn of Live, Garden City: Hanover House, 1957, pág 79) deixa bem claro que a "crença" em uma atmosfera sem oxigênio se sustenta na teoria da evolução e que é mera especulação:
"Como outros aspectos da origem da Terra, a formação da sua atmosfera deriva da teoria escolhida para justificar a origem do sistema solar. Qualquer teoria séria, porém, envolve condições que deveriam ter levado ao acúmulo de uma atmosfera de gás em torno de qualquer corpo planetário suficientemente sólido para suportá-lo. Quais os gases presentes e em que proporções, são perguntas deixadas a cargo da especulação em lugar de qualquer certeza real."
Em "Development of the Hydrosphere and Atmosphere, with Special Reference to Probable Composition of the Eary Atmosphere", Pág 636, William Rubey cita várias razões para sua crença na composição da atmosfera primitiva, todas as razões se sustentam em suposições prévias relativas relacionadas à teoria da evolução ou analogia com alguns planetas do sistema solar:
"As razões que levaram esses escritores a considerar o metano ou amônia, ou ambos, como constituintes principais da primeira atmosfera são provavelmente várias, mas podem incluir uma ou mais das seguintes: Primeiro, sabemos que o hidrogênio e o hélio excedem abundantemente todos os demais elementos químicos...
Se o hidrogênio em certa época existia em abundância na atmosfera da terra, então o metano e a amônia, em lugar do dióxido de carbono e do nitrogênio, deveriam ser os gases predominantes.
Uma segunda consideração é o fato do metano e a amônia serem os gases mais abundantes nas atmosferas dos principais planetas...
Terceiro, a hipótese de Oparin (1938) e Horowitz (1945) é muito atraente para os cientistas em muitas áreas. Isto pressupõe que antes do ozônio ter-se tornado um constituinte significativo da atmosfera terrestre, compostos orgânicos complexos foram sintetizados por processos fotoquímicos; que as formas de vida mais primitivas se originaram desse modo; e que essas primeiras moléculas autoduplicativas evoluíram em organismos mais específicos ao consumirem o suprimento de compostos orgânicos formados anteriormente. Essa hipótese parece exigir uma atmosfera reduzida... Finalmente, Miller (1953) teve êxito em sintetizar dois aminoácidos... fazendo passar uma descarga elétrica (os efeitos da qual seriam comparáveis aos de um relâmpago) através de uma mistura de vapor, metano, amônia e hidrogênio."
As duas primeiras suposições de Rubey partem da suposição de que a Terra foi formada de modo semelhante a alguns outros planetas do sistema solar, no entanto, se não nos sustentarmos na teoria evolucionista e supor que Deus criou a Terra para manter a vida como a conhecemos, a suposição de Rubey torna-se errada.
A terceira suposição se sustenta puramente na crença da geração espontânea da vida (abiogênese) , aí podemos notar uma sustentação mútua de teorias: A teoria da evolução parte do pressuposto de que a atmosfera primitiva não tinha oxigênio, e a teoria de que a atmosfera primitiva não tinha oxigênio parte do pressuposto de que houve geração espontânea da vida (teoria da evolução).
A Quarta suposição se sustenta no resultado de uma experiência em laboratório (a já citada experiência de Stanley Miller, em 1953) que foi realizada partindo da suposição de que a atmosfera primitiva se constituía exatamente dos ingredientes necessários para a formação de aminoácidos. Novamente uma harmonia proveniente de sustentação mútua. A experiência de Miller se baseou na crença de que a atmosfera primitiva se constituía de determinados ingredientes e ausência de oxigênio; atualmente, a crença de que a atmosfera primitiva se constituía de determinados ingredientes e ausência de oxigênio, utiliza-se também, para se sustentar, da experiência de Miller.
Fica evidente que a crença na teoria da evolução é a principal razão para se acreditar que a atmosfera primitiva tinha uma determinada composição e ausência de oxigênio. Esta crença se sustenta apenas em suposições, sem nenhuma prova apresentada.
Não há prova científica que a Terra alguma vez tenha tido uma atmosfera sem oxigênio como os Evolucionistas requerem. Rochas mais antigas da Terra contêm evidências de terem sido formadas em uma atmosfera com oxigênio. Evidências de oxigênio livre têm sido encontradas em rochas supostamente 300 milhões de anos mais velhas que as primeiras células vivas.[Harry Clemmey e Nick Badham, "Oxygen in the Precambrian Atmosphere: An Evaluation of the Geological Evidence," Geology, Vol. 10 (March 1982), p. 141] ["Smaller Planets Began with Oxidized Atmospheres," New Scientist, Vol. 87, No. 1209 (July 10, 1980), p. 112.]
[John Gribbin, "Carbon Dioxide, Ammonia – and Life," New Scientist, Vol. 94, No. 1305 (May 13, 1982), pp. 413-416.]
A presença de oxigênio na atmosfera é um obstáculo intransponível para a teoria da evolução, não apenas pelo fato do oxigênio destruir as grandes moléculas muito antes de atingirem o estágio de vida, mas também porque quase todas as formas de vida dependem atualmente do oxigênio. Mas, segundo a teoria da evolução, os primeiros organismos vivos não poderiam depender do oxigênio, pois, como já foi dito, não podia haver oxigênio na atmosfera para que as complexas moléculas orgânicas não fossem destruídas, assim, a teoria procura fazer que se acredite que, em determinado momento, organismos que não conseguiam viver com oxigênio transformaram-se (talvez gradualmente) em organismos que não conseguem viver sem oxigênio! Algo extremamente improvável!